调试易

lines.Cast<Line>().OrderBy(x => x.storeNum)

考虑一下SortedSet<T> 否？

曹大，OrderBy好像不能对lines内部结构的一部分字段排序吧，要不你测试，测试代码：
using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Collections;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.IO;  namespace ValidReplicatedLine
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            string inputFileName = @"E:\inputfile.txt";
            StreamReader sr = new StreamReader(inputFileName);
            HashSet<Line> lines = new HashSet<Line>();
            int lineNum = 1;
 
            while (!sr.EndOfStream)
            {
                string str = sr.ReadLine();                if (str.Trim().Length == 0)
                {
                    continue;
                }                string[] strArr = str.Split(new char[] { ',' });
                Line line = new Line();
                line.lineNum = lineNum;
                line.storeNum = strArr[0];
                line.MosrName = strArr[1];
                line.mosrNum = strArr[2];                lines.Add(line);
                lineNum++;      
            }            sr.Close();
            
            lines.Cast<Line>().OrderBy(x => x.storeNum);            foreach(Line l in lines)
            {
                StringBuilder sb = new StringBuilder();
                sb.AppendLine(Convert.ToString(l.lineNum) + ',' + l.storeNum + ',' + l.MosrName + ',' + l.mosrNum);
                Console.Write(sb);
            }
        }
        public class Line
        {
             public int lineNum;
             public string storeNum;
             public string MosrName;
             public string mosrNum;
        }
    }
}
运行结果：

测试通过，hashset.OrderBy()是返回一个排序后的副本，多谢曹大，待会接分。

你的思路也行，将HashSet转换成ToList()，再利用OrderBy()自定义比较器。多谢