调试易

string str=@"a,b,c(arg1,arg2,""vla1,val2""),d";
Regex re = new Regex("(?<=\(+[^)]+)@");
string result = re.Replace(str.Replace(",","@"),",");
手写的，没测试

不用正则也是很简单实现的              string strTemp="a,b,c(arg1,arg2,\"vla1,val2\"),d";
            int intPlace = strTemp.LastIndexOf(',');
            strTemp = strTemp.Remove(intPlace, 1);
            strTemp = strTemp.Insert(intPlace,"@");

  

再来个直接替换的string test = "a,b,c(arg1,arg2,\"vla1,val2\"),d";
Regex reg = new Regex(@"(?n)(?<=(^|\))([^(),]*,)*[^(),]*),");
string result = reg.Replace(test, "@");
/*-------输出-------
a@b@c(arg1,arg2,"vla1,val2")@d
*/

多谢楼上诸位鄙人自己也解决了。string test = "a , b , c(arg1,arg2, arg3(subArg1, "subArgVal"),\"vla1,val2\"), d";
Regex reg = new Regex(@"([\w_\-]+(?:\(.*\))?\s*),");
string result = reg.Replace(test, "$1@");5楼高人给的正则在C#下确实可用，但是在js下不可用， 而且我确实看不懂。 
 (?<=  这里这个 < 是干嘛的？  怎么讲？？ 先不结贴  继续等回答
但是这个

  

哦，有嵌套的话，倒也不用平衡组，9楼的委托是满足需求的
string test = "a , b , c(arg1,arg2, arg3(subArg1, \"subArgVal\"),\"vla1,val2\"), d, e(arg1, arg2), f";
Regex reg = new Regex(@"(^|\))[^()]+(\(|$)");
string result = reg.Replace(test, delegate(Match m) { return m.Value.Replace(",", "@"); });那这样js中倒是也可以用正则处理
<script type="text/javascript">    
    var str = "a , b , c(arg1,arg2, arg3(subArg1, \"subArgVal\"),\"vla1,val2\"), d, e(arg1, arg2), f";
    var reg = /(^|\))[^()]+(\(|$)/g;
    var result = str.replace(reg, function($0){return $0.replace(/,/g, "@");});
    document.write(result);
</script>/*-----以上两种方式输出都是------
a @ b @ c(arg1,arg2, arg3(subArg1, "subArgVal"),"vla1,val2")@ d@ e(arg1, arg2)@ f
*/

js不支持 逆序环视 吗？我知道js支持 正向预查(?=pattern)，如果不支持的话就没辙了。 我需要的是C#正则，不过我自己测试是用js测试的而已， 所以有此一问。对于你提出我的正则的问题， 测试了一下， 确实存在。  多谢提醒。 我还是考虑不周。

js不支持逆序环视C#和js两种实现方式都已在14楼给出

Regex reg = new Regex(@"(?n)(?<=(^|\))([^(),]*,)*[^(),]*),");写正则首先就是要分析规律
要替换的内容是字符“,”，那就找一下它的规律
a,
a,b,
a,b,c(arg1,arg2,"vla1,val2"), 可以简化为 ),
当然可以补充第四种情况  ),d,
可以看到，要替换的就是以上三种情况尾部的“,”
因为使用逆序环视，要找一个参照物，根据楼主的需求，这里能确定的参照物就是开始位置“^”和字符“)”
第一种情况向左搜索，是一直要搜索到字符串开始位置的，所以就是：(?<=^a),，抽象一下就是：(?<=^[^()]*),
第二种情况向左搜索，也是一直要搜索到字符串开始位置的，但它是从第一个“,”后面的位置开始搜索的，所以就是：(?<=^a,b),，抽象一下就是(?<=^([^(),]*,)*[^(),]*),
第三种情况向左搜索，它只需要搜索到字符“)”，其实也就是：(?<=\)),，抽象一下并且考虑复杂一点的如第四种情况就是：(?<=(^|\))([^(),]*,)*[^(),]*),
综合起来，也就是上面的正则了